公积金未还清，再申请商贷属于二套房，一般二套房商贷会比一套房首付要高，不同地方、不同贷款银行对首付比例有不同的要求。

目前，全国各地房贷政策缩紧，一套房的首付比例一般在2-3成，二套房的首付比例一般都在3成以上，如南京、苏州二套房最低首付比例为4.5成，还有部分地区的首付比例为4成。

需要提醒的是，公积金未还清商贷除了首付比例增加，且贷款利率也要上浮，对于贷款人来说还款压力更大。